Il software di gestione delle stazioni micrometeorologica (sia quella a 16m sia quella a 10m) è stato sviluppato presso ISAC-CNR e può operare su due tipologie si anemometro sonico: Gill R3 e Gill 1012R2 che operano, rispettivamente, a 100 Hz ed a 20.8 Hz.

Le caratteristiche tecniche di questi anemometri consentono l’acquisizione sincrona di parametri meteorologici da altri sensori, permettendo di disporne in un unico set di dati. In accordo con le finalità di ricerca, si è realizzato uno strumento software che li controlli a distanza, interfacciabile con entrambi i modelli di cui si dispone, capace di controllarne contemporaneamente fino a 3 dello stesso modello. L'uscita del sistema è rappresentata dai dati ad alta frequenza salvati in modalità raw, e dai flussi calcolati online salvati in file ascii. Il setup sperimentale viene caratterizzato in prima battuta per il numero di anemometri montati e per la tipologia degli stessi. Per ogni ingresso analogico sono poi inseriti il  fattore di guadagno e l’eventuale  offset della misura, in modo da avere immediatamente le statistiche delle grandezze fisiche, e poter controllare in modo più agevole il funzionamento dello strumento. In relazione ai file di output, è poi selezionato anche l'ordine con il quale le grandezze statistiche devono comparire. Nel calcolo dei momenti statistici è importante correlare le misure anemometriche con misure  di quantità scalari effettuate con sensori a risposta rapida, che operano spesso con risposta non lineare, per cui è necessario tipizzare il codice in modo che li possa supportare. Attualmente sono supportati il Campbell KH20 e il Licor LI7500. In siti di misura remoti è importante monitorare il funzionamento degli strumenti in maniera rapida, dunque senza effettuare il download dei dati; il miglior modo per far ciò è visualizzando il grafico delle ultime misure effettuate, così come appare nel graph plot a sinistra in figura; per una verifica integrale della trasmissione e ricezione dall'anemometro invece, si rende opportuno monitorare  il complesso dei byte persi in ricezione rispetto a quelli attesi.